Ο Χαμενεΐ έγινε ανώτατος ηγέτης το 1989, όταν το Ιράν ανέκαμψε από τον πόλεμο με το Ιράκ. Το γραφείο του έγινε κέντρο εξουσίας, επιβλέποντας τις ένοπλες δυνάμεις, το δικαστικό σώμα, την κρατική ραδιοτηλεόραση και τους στρατηγικούς διορισμούς.

Το στήριγμα της κυβέρνησής του είναι το Σώμα των Φρουρών της Ισλαμικής Επανάστασης (IRGC). Υπό τον Χαμενεΐ, το IRGC έχει εξελιχθεί σε κυρίαρχο παίκτη στους τομείς της ασφάλειας, της πολιτικής και της οικονομίας.

Το Ιράν έχει επίσης επενδύσει πολλά σε βαλλιστικούς πυραύλους, θεωρώντας τους ως αποτρεπτικό παράγοντα κατά των ΗΠΑ και των περιφερειακών αντιπάλων. Αυτό είναι ένα αμφιλεγόμενο ζήτημα στον κόσμο, αλλά όχι τόσο σοβαρό όσο το πυρηνικό πρόγραμμα του Ιράν.

Ο Χαμενεΐ επέμεινε ότι το Ιράν δεν επιδιώκει πυρηνικά όπλα, αλλά υπερασπίζεται το δικαίωμά του να εμπλουτίζει ουράνιο. Αυτό προκάλεσε κυρώσεις από τις ΗΠΑ και την Ευρώπη.

Η περιφερειακή στρατηγική της βασίζεται σε συμμαχικές κυβερνήσεις και ένοπλες ομάδες. Η πολιτική έχει επεκτείνει την επιρροή του Ιράν αλλά βάθυνε τις εντάσεις με τα αραβικά κράτη του Κόλπου και τις Ηνωμένες Πολιτείες.

Ο Χαμενεΐ δολοφονήθηκε στις 28 Φεβρουαρίου 2026, την πρώτη ημέρα της σύγκρουσης με τις ΗΠΑ και το Ισραήλ.